Vers 1159, Gualdim Païs maître de l’Ordre du Temple au Portugal reçoit du roi Afonso Henriques, le château en ruine de Ceras, ainsi que toutes les terres des alentours s’étendant entre les rivières Mondego, Zêzere et le Tage. Gualdim Païs estimant que Tomar, situé à quelques kilomètres de là offrait une position stratégiquement mieux adaptée, cessa la reconstruction de Ceras pour y édifier une nouvelle forteresse, sur une colline dominant la rive droite de la rivière Nabão. Les travaux de construction de la forteresse débutèrent le 1er mars 1160, date à laquelle le développement du village de Tomar prit également son essor. En 1169, les Templiers se voient confirmer leurs domaines de Tomar ainsi qu’un tiers de tous les territoires situés au sud du Tage qu’ils aideront à conquérir. En 1170, la construction du Château d'Almourol sur une île du fleuve, quelques kilomètres au sud de Tomar, viendra compléter l’ensemble des forteresses défendant la ligne du Tage.
En 1190, Abou Youssouf Al Mansour, calife Almohade du Maroc, lance une grande offensive contre les terres chrétiennes et arrive jusqu’à Tomar qu’il assiège. Les défenseurs, commandés par Gualdim Païs en personne, livrèrent des combats tellement acharnés pour défendre les portes de la ville qu’une de celles-ci, la porte d’Almedina où les combats les plus violents se sont produits, sera rebaptisée la Porte du Sang. Cette victoire écrasante contre les Musulmans confirmera la puissance militaire de l’Ordre et en fera un acteur incontournable de la Reconquista dans le jeune royaume du Portugal.
Tomar sera le siège de l'Ordre jusqu'en 1214, date à laquelle il sera transféré à Castelo Branco. Tomar regagnera son statut de siège d'un ordre monastique en 1357, lorsque l'Ordre du Christ, créé officiellement en 1319, s'y installera jusqu'à sa dissolution en 1834.
La forteresse templière est une partie de la cité fortifiée du vieux Tomar que l’on pourrait appeler la maison militaire. Cette forteresse a une forme de quadrilatère aplati, dont l’extrémité sud-est est constituée de la citadelle et l’extrémité ouest la chapelle circulaire fortifiée. Ces deux fortifications sont reliées par des murs garnis de tours rondes et carrées sur le côté nord. La citadelle en elle-même est constituée d’une massive tour carrée (la Torre de Menagem) ceinte d’une muraille circulaire. A l’intérieur de cette muraille, ont peut encore voir des traces des fondations de bâtiments militaires ainsi qu’un puits. L’espace situé entre ce donjon et la chapelle était garni de plusieurs bâtiments nécessaires à la vie conventuelle des frères : dortoir, réfectoire, salle capitulaire,...
La cour du château, place relativement plane actuellement mais qui devait l’être beaucoup moins à l’époque templière, était constitué de plantations nécessaires à la vie du village et de la forteresse. A l’extrémité sud-est se trouve une grosse tour carrée qui était le siège du commandeur de Tomar. Un second mur relie cette tour à la chapelle.
Pour accéder à cette partie, il faut tout d’abord passer la porte de la barbacane (Porte de Sao Tiago) défendue par la citadelle templière et passer ensuite la Porte du Soleil. A proximité immédiate de cette porte, se trouvait un petit ermitage consacré à Santa Maria Do Castelo. La chapelle de l’ermitage sera transformée plus tard en église paroissiale. Cet ermitage a complètement disparu, à l’exception d’une petite partie de son mur d’enceinte et du clocher de la chapelle, accroché dans la muraille.
La partie basse était quant à elle constituée du village même de Tomar et était également entourée d’une muraille garnie de tours défensives rondes et carrées partant de la chapelle et rejoignant la tour du Commandeur. Une seule porte dans la muraille donnait accès à ce village. Il s’agit de la fameuse Porte du Sang.
La chapelle est construite sur base d’un polygone à 16 côtés et est renforcée d’épais contreforts lui donnant un aspect très massif. Les meurtrières dans la tour du clocher et le peu de fenêtres situées dans les murs confèrent à cet édifice religieux un important rôle défensif. Le portail actuel de la chapelle n’existait pas à l’époque templière et l’entrée se faisait par une petite porte située du côté est, près de l’endroit où maintenant le cloître du cimetière rejoint la chapelle.
L’intérieur de la chapelle est constitué de deux parties distinctes. Une première partie est constituée de l’autel qui est ceint d’arcades à chapiteaux. La deuxième partie est constituée du déambulatoire situé entre ces arcades et les murs extérieurs. L’ensemble de la chapelle est décoré de façon exubérante, du sol au plafond. Ces peintures sur panneaux et fresques datent pour la grande majorité d’entre eux de l’époque manuéline et représentent des figures bibliques, des anges, des saints, le Christ, la Vierge Marie,… La grande majorité de ces décorations date du 16e siècle. C’est aussi à cette époque que le mur ouest de la chapelle a été percé pour l’agrandir avec l’adjonction d’une nef.
En 1420, le maître de l’Ordre du Christ, D. Henrique, chercha à redonner une dimension conventuelle à Tomar et entama des travaux de construction de deux cloîtres dans la partie nord de la partie templière. Le premier de ceux-ci, appelé cloître du cimetière, était destiné à accueillir les dépouilles des chevaliers et des religieux de l’Ordre, les frères servants et les laïcs étant quant à eux enterrés dans le petit ermitage à l’entrée de la forteresse. Ce cloître, de plan rectangulaire, possède une galerie voûtée reposant sur une double rangée de colonnades aux fûts lisses et surmontées de chapiteaux aux motifs végétaux. Le sol de cette galerie est composé de pierres tombales et la partie inférieure des murs est recouverte d’azulejos. Dans les murs, plusieurs sépultures ont été creusées, dont celle de Dom Diogo de Gama, frère du célèbre navigateur Vasco de Gama. Dans l’angle nord de ce cloître, on peut remarquer la présence d’une chapelle particulière, appelée « Chapelle des Portocarreiros ». La décoration intérieure est constituée uniquement de pierres sculptées et d’azulejos dont certains représentent des scènes de la vie du Christ.