Vers 993, la reine Adélaïde fonde cet édifice pour remercier Dieu de l’élection de son mari Hugues Capet et pour abriter les reliques d’un ermite auvergnat du VIe siècle : saint Frambault.

Ce vaisseau est bâti sur une chapelle basse qui fut probablement un lieu de culte carolingien.

Dotée d’un chapitre, la chapelle primitive est élevée au rang de collégiale : les 12 chanoines du chapitre y rendaient un culte particulier aux reliques de saint Frambourg et seule la famille royale assistait aux offices.
En 1177, Louis VII ordonne la reconstruction et l’agrandissement de l’église royale, sobre et majestueuse, qui servira plus tard de modèle pour la Sainte Chapelle de Paris.

Après la Révolution, elle servit successivement de forge, de magasin de fourrage, de manège à chevaux, atelier de menuiserie… .

En 1973, sur les conseils d’André Malraux, le pianiste hongrois Georges Cziffra achète la chapelle, transformée alors en garage, bien qu’elle fût déjà classée monument historique !
Après une importante campagne de fouilles, la restauration commence sous la direction de l’architecte des Monuments Historiques. La fondation Cziffra est alors créée avec pour objectif la restauration intégrale de l’édifice, son ouverture à un large public, l’accueil et la promotion de jeunes musiciens et artistes, œuvre que son épouse Soleilka pérennisa avec la même passion. Tout au long de l’année, de nombreux concerts sont donnés dans la nef dont l’acoustique diffuse la plus pure expression de la musique.

A l’occasion du millénaire capétien, la chapelle se dote de vitraux conçus par le peintre Miro et réalisés par le maître-verrier Charles Marcq de Reims.